onescience-installer

输入获取方式

本技能支持两种输入方式：

1. 上下文 handoff（默认）：从调用方传入的 step_handoff 获取任务信息。
2. 文件 handoff（autonomous_mode）：从 .onescience/handoff/step_{step_id}.yaml 读取任务信息。执行后，将结果写入 .onescience/handoff/step_{step_id}_result.yaml。

启动时优先检查 .onescience/handoff/ 目录是否存在对应的交接文件；若存在则使用文件模式，否则使用上下文模式。

文件交接格式参见 skills/onescience-orchestrator/references/file_handoff_contract.md。

OneScience 安装器

主流程

1. 读取根目录 onescience.json。
2. 校验运行站点配置：
   • 必须能从 onescience.json.runtime.execution_profile.run_site 获取 local 或 remote。
   • 当 run_site=remote 时，必须能从 onescience.json.runtime.ssh 获取 SSH 信息。
   • 如果缺少 run_site，或 run_site=remote 但 SSH 信息不完整，读取 ./references/runsite-handoff.md，调用 skills/onescience-runsite 补齐配置；只有 runsite 成功写回或更新 onescience.json 后，才能继续安装流程。
3. 读取 ./references/discover-route.md，识别用户意图、安装领域、Python 包列表、runtime.conda 状态和目标环境路径。
4. 根据“意图 + 环境路径 + conda 状态”读取对应分支文件，并且只读取命中的分支文件。
5. 需要渲染探测、下载、安装、验证命令时，读取 ./references/install_flow.md。
6. OneScience 自身是特殊 bootstrap 目标，不属于普通 Python 包：安装 onescience、OneScience 环境、earth/cfd/bio/matchem/all 时必须先执行 workspace_bootstrap_profiles.json.wheel.download_wheel_command 下载 wheel，再从已下载 wheel 的 METADATA 探测 Provides-Extra，然后按领域 + 加速卡选择匹配 extra，并通过 pip install "onescience[{resolved_extra}]" -i http://mirrors.onescience.ai:3141/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.onescience.ai 安装；不得把下载下来的 wheel 当作安装载体，也不得渲染 pip install onescience、python -m pip install onescience 或把 onescience 放入 {python_packages}。
7. 检测成功、安装成功且验证成功后，若 install_intent 为 bootstrap 或 python_packages，读取 ./references/writeback-conda-state.md 写回 onescience.json.runtime.conda。若 install_intent=hpc_software，跳过 conda 写回（HPC 软件不依赖 conda 环境）。
8. 写回成功后，若当前任务带有上游 handoff / resume 信息，则返回调用它的技能继续执行；若没有明确调用方，则交回 onescience-orchestrator 规划后续任务。installer 不得自行推断新的业务 downstream skill；除文档中已明确的 runsite 补齐调用外，后续由谁执行一律由 caller 或 onescience-orchestrator 决定。

必要资产

• ./assets/backend_profiles.json：环境名、Python 版本、module 顺序、verify 口径。
• ./assets/workspace_bootstrap_profiles.json：OneScience wheel 来源、extras 探测与安装入口。
• ./assets/install_domains.json：earth/cfd/bio/matchem/all 到领域意图的映射。
• ./assets/hpc_software_profiles.json：HPC 科学计算软件（GROMACS、LAMMPS 等）的定义、下载地址、安装配置与验证命令。
• ./assets/conda_env.example.json：成功写回格式示例。

installer 的环境信息写回位置是 onescience.json.runtime.conda。除 runtime.conda 外，不修改 onescience.json 的其它信息。install_intent=hpc_software 路径不写回 runtime.conda。

意图识别流程

1. 用户要求“安装 OneScience 环境”“安装 earth/cfd/bio/matchem/all 环境”“安装 onescience 包”“初始化 OneScience 环境”时，设为 install_intent=bootstrap。onescience 包名大小写不敏感，命中后永远按 bootstrap 处理。
2. 用户要求“安装 Python 包”“安装 pip 包”“补装依赖”“安装某个包到 OneScience 环境”时，设为 install_intent=python_packages；但包名列表里若包含 onescience，必须拆分并将 onescience 路由到 install_intent=bootstrap，其余普通 Python 包才允许继续走 pip 分支。
3. 用户要求"安装 GROMACS""安装 LAMMPS""帮我在服务器装 HPC 软件""安装分子动力学软件"等涉及 HPC 科学计算软件安装的请求时，设为 install_intent=hpc_software。从用户请求中解析软件名，与 ./assets/hpc_software_profiles.json 中的条目匹配；匹配成功后路由到对应安装分支。
4. 用户没有明确意图时，先询问要安装 OneScience 环境、安装 Python 包还是安装 HPC 软件；不要在意图未知时进入安装分支。
5. 若上游调用方传入 installer_reason=workspace_model_path_detected：conda 环境已就绪，跳过环境检测与安装步骤，直接路由到 ./references/workspace-model-path-discovery.md 完成模型路径探测与写回。这是 runtime 的轻量委托，不涉及 conda 创建或 pip 安装。
6. 若上游调用方传入 installer_reason=preflight_validation：进入纯环境就绪验证模式，读取 ./references/preflight-validation.md 执行完整的环境预检。此模式不做任何安装操作；若预检发现环境缺失，再按失败分类路由到对应安装分支。此模式是 orchestrator 和 runtime 的环境前置检测的统一入口，实现环境检测职责从 orchestrator/runtime 向 installer 的完整迁移。
7. install_intent=bootstrap 必须解析安装领域；无法从请求映射到 install_domains.json 时，询问用户安装哪个领域或是否安装 all。
8. install_intent=python_packages 必须解析包名列表；缺少包名时只询问包名。
9. install_intent=hpc_software 必须从 ./assets/hpc_software_profiles.json 中匹配到 target software；无法匹配时告知用户当前支持的软件列表并询问。
10. autonomous_mode 下意图不明确时：若 install_intent 无法自动判定且 autonomous_mode: true，使用默认安全策略（不安装新环境、不覆盖已有配置），并返回 status: blocked 告知原因，而非向用户提问。

分支映射

前置状态 / 用户意图	必读工作流
缺少 run_site，或远程模式缺少 SSH 信息	./references/runsite-handoff.md
进入安装后的通用发现、意图识别、路径判定	./references/discover-route.md
runtime.conda 缺失，需要先判断目标环境是否已有 OneScience 包	./references/detect-existing-onescience.md
意图是安装 OneScience，且目标路径是创建或复用 Conda 环境	./references/install-onescience-conda.md
意图是安装 OneScience，且目标路径是当前环境	./references/install-onescience-current.md
意图是安装 Python 包，且目标路径是 Conda 环境	./references/install-python-packages-conda.md
意图是安装 Python 包，且目标路径是当前环境	./references/install-python-packages-current.md
意图是安装 HPC 科学计算软件	./references/install-hpc-software.md
检测成功、安装成功并验证成功后需要写回 onescience.json.runtime.conda	./references/writeback-conda-state.md
环境就绪后需要自动探测 workspace 模型与数据集路径	./references/workspace-model-path-discovery.md
上游委托 installer_reason=workspace_model_path_detected（纯路径发现）	./references/workspace-model-path-discovery.md，无需走 conda 检测/安装分支
installer_reason=preflight_validation（纯环境就绪预检，不安装）	./references/preflight-validation.md

硬门禁

• 环境检测阶段（detect-existing-onescience.md）：可直接执行检测命令，不需要用户确认；检测完成后只报告结果，不得自动创建环境或安装包。
• 创建 Conda 环境、安装 OneScience、安装 Python 包前：必须获得用户明确同意。
  • autonomous_mode 例外：当上游 step_handoff.execution_flags.autonomous_mode 为 true 时，安装确认自动通过，不向用户提问。但安装失败后仍需报告失败原因，不得静默跳过。若安装过程涉及不可逆操作（如覆盖已有 conda 环境），仍需返回 status: blocked 说明风险，不得直接覆盖。
• run_site=remote 时，在 SSH 信息齐备前不要执行安装、验证或包检测。
• run_site=remote 时不要在本端 shell 执行 conda 或任何安装/验证命令；远端安装必须通过远端执行模板完成。
• 禁止把 onescience 当作普通包塞进 {python_packages}；bootstrap 路径必须先下载 wheel 以探测 extra，再通过 pip install \"onescience[{resolved_extra}]\" -i http://mirrors.onescience.ai:3141/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.onescience.ai 完成安装，而不是把下载下来的 wheel 直接拿来安装。
• runtime.conda 缺失时，必须先走 detect-existing-onescience.md；若目标环境已有 onescience 和 torch 包，写回环境信息到 runtime.conda 并返回，不创建环境；若都没有，只报告检测结果，询问是否创建 conda 环境并安装 onescience。
  • autonomous_mode 例外：当 autonomous_mode: true 且 runtime.conda 缺失、目标环境无 onescience 时，自动创建 conda 环境并安装 onescience（使用 install_domains.json 中与任务领域匹配的默认 extra），不向用户提问。
• 已有 runtime.conda.enabled=true 时，后续 Conda 路径必须使用记录的 env_name 和 activate_script。
• 已有 runtime.conda.enabled=false 时，默认按当前环境路径处理；除非用户明确同意，否则不要创建 Conda 环境。
• 安装失败或验证失败时，不要写入成功状态。
• HPC 软件安装前：必须确认安装目录且获得用户明确同意；不得在用户未确认的情况下自动下载或解压。
• HPC 软件安装时：install_intent=hpc_software 路径不读取 backend_profiles.json、workspace_bootstrap_profiles.json、install_domains.json，也不写回 runtime.conda；仅使用 hpc_software_profiles.json 和 install_flow.md 中 §20-§25 的 HPC 专用模板。

输出契约

阶段汇报和最终输出至少包含：

• run_site
• workflow
• install_intent
• install_state
• verify_state
• conda_writeback（仅 bootstrap 和 python_packages 路径）
• software_name（仅 hpc_software 路径）
• software_version（仅 hpc_software 路径）
• install_dir（仅 hpc_software 路径）
• next_action
• resume_target
• resume_phase