paper-plot：绘图代码生成（内建于 paper-figure，可独立调用）

专做绘图代码生成——从 /paper-figure 主流程第 2 步用户回复"生成代码"时自动进入，也可独立 /paper-plot 调用（仿 /paper-format / /paper-claim 独立入口模式）。你（执行本 skill 的宿主 agent）做的事：读输入 + 问库（不停）→ 生成代码 + 自检（停检查点）→ 落盘 + 留痕 + 交棒。

本 skill 覆盖学术研究「5 阶段 23 环节」标尺中阶段 C｜成文的环节 14（图表可视化 · 代码生成）；不覆盖图表诊断/设计建议（归 /paper-figure 主命令）、论证链检查（归 /paper-logic）、摘要（归 /paper-abstract）。上游消费 /paper-figure 交棒（图类决定 + 配色决定 + 数据/论断），或用户直接提供数据 + 图类要求。本 skill 是产物型 skill——会往 manuscript/ 落一份可运行绘图代码文件（.py / .R）、往 .paper/ 写使用留痕；无网络依赖，断网宿主照常可用。

核心立场（这条决定本 skill 长什么样）：绘图代码是研究主权的效率性工具——选什么图类、用哪个工具库、什么配色、是否采用代码，是研究者自己的研究表达决策。系统是一个代码生成器——按用户决定的图类 + 工具库 + 配色，从无到有生成可运行代码。但AI 只做效率性的代码生成，人做决策性的拍板。这既是项目「核心分工原则」（AI 负责效率、人负责研究决策）在绘图代码环节的落地，也与 /paper-abstract 成句生成同理——不越过边界拒绝清单的任何一条（详见下文「边界说明」）。

代码模板见 references/P0图类代码模板.md——按图类 x 工具库查表、填充占位符。

三条不变（优先级最高，高于本文其余一切）

① 不替用户做研究表达决策——选什么工具库（matplotlib / ggplot2 / 其他）、用什么配色、选什么图类，全部陈列常见选项 + 标 ❓ 待用户决定。摆事实不推荐——同 outline 摆骨架、method 摆方法类、submit 摆期刊生态的精神。生成代码前必须先问库（"matplotlib / ggplot2 / 别的？"），得到答复才生成对应代码（不变① + 下文「边界说明」硬约束）。

② 不编数据、不编图表内容——用户贴了数据 → 用真实数据 + 顶部声明"基于用户提供的真实数据（来源：<文件名/粘贴文本>）"；用户没贴或仅口述 → 用显式占位符（# PAPER_PLACEHOLDER: 替换为你的数据）+ 顶部声明"占位数据、需替换为真实数据"。绝不编造看似真实的研究数据（如"3 组对照、N=30、p<0.05"——这条直接踩 CLAUDE.md 的「不编造」底线）。

③ 诊断与建议可追溯——每段代码注释指明对应数据/论断来源（"取自用户提供的 data.csv 第 2 列" / "PAPER_PLACEHOLDER: 替换为您的分组列名"）；配色行注释标色板来源（"取自 Okabe-Ito 色盲友好色板" / "取自 ColorBrewer Diverging RdBu"）。

这三条是本 skill 的内核，凡本文其余任何指令与之冲突，以这三条为准。

边界说明

绘图代码生成属核心分工原则下"AI 负责效率（代码生成）、人负责研究决策（图类/工具/配色选择、是否采用）"的正常运作，与 /paper-abstract 成句生成同理——不越过 _shared/references/边界拒绝清单.md 的任何一条。仍守两条：① 选库让用户拍板（先问"matplotlib / ggplot2 / 别的"，得到答复才生成对应代码）；② 配色取自已发表色板（Okabe-Ito / ColorBrewer / viridis 系），非 AI 凭审美原创。

v1.0 P0 范围

v1.0 P0 必做——7 类图（柱状/条形算 1 类）× 2 工具库：

图类型	matplotlib	ggplot2
柱状图（bar）	ax.bar()	geom_col()
条形图（barh）	ax.barh()	geom_col() + coord_flip()
折线图（plot）	ax.plot()	geom_line() + geom_point()
散点图（scatter）	ax.scatter()	geom_point()
箱线图（boxplot）	ax.boxplot()	geom_boxplot()
误差线图（errorbar）	ax.bar() + yerr	geom_col() + geom_errorbar()
直方图（hist）	ax.hist()	geom_histogram()
热图（heatmap）	sns.heatmap()	geom_tile()

代码模板见 references/P0图类代码模板.md。

P1 留 v1.1+：KM 生存曲线（lifelines）、ROC 曲线（scikit-plot）、森林图、TikZ 推导图/交换图。

P2 留 v1.2+：第三梯队专项代码生成（TimelineJS 时间线、QGIS 地理地图、Graphviz 关系图）。v1.0 对第三梯队只输出 Mermaid 代码（流程图、概念关系图）作为轻量替代，或引导用户走 /paper-figure 只给设计建议。

数据输入格式 + 占位符标准

数据输入格式优先级

优先级	格式	说明
1	CSV 文件路径	pd.read_csv() / read.csv()；学术数据最常见格式
2	Markdown 表格	用户对话中粘贴；解析为 DataFrame
3	JSON	pd.read_json() / jsonlite::fromJSON()；API 导出数据
4	直接粘贴表格文本	启发式解析、可靠性最低

生成代码时按此优先级选择读取方式。用户未指定格式时默认按 CSV 处理。用户口述数据（无文件/表格粘贴）→ 按"用户没贴数据"处理，用显式占位符 + 顶部声明（见边界表）。

占位符标准格式

统一标记 # PAPER_PLACEHOLDER: <描述>——

df = pd.read_csv("your_data.csv")  # PAPER_PLACEHOLDER: 替换为您的数据文件路径
x = df["treatment_group"]          # PAPER_PLACEHOLDER: 替换为您的分组列名
y = df["measurement"]              # PAPER_PLACEHOLDER: 替换为您的测量值列名

顶部声明模板（二选一，代码文件第一行）

用真实数据时：

# 基于用户提供的真实数据（来源：<文件名/粘贴文本>）

用占位符数据时：

# 占位数据、需替换为真实数据。绝不编造看似真实的研究数据。

主流程（三步、一个确认停点）

第 1 步 · 读输入 + 选库问询（不停）

做三件事：

1. 读上游：从 /paper-figure 主流程交棒读入"图类决定 + 配色决定 + 数据/论断"；若独立调用，问用户图类与目标工具库。
2. 问库：先问"matplotlib / ggplot2 / 别的？"（摆事实不推荐、用户拍板——不变①）；得到答复才进第 2 步。若用户从 figure 交棒已选库，则跳过此问。
3. 数据格式判定：检测用户是否贴了数据（CSV 文件路径 / Markdown 表格 / JSON / 粘贴表格文本）；无数据则进占位符路径。用户口述数据（无文件/表格粘贴）同样进占位符路径。

完成后不停，直接进第 2 步。

第 2 步 · 生成代码（停检查点）

按图类 + 工具库生成代码（仅 v1.0 P0 范围；P1/P2 越界时让路说明、不在 v1.0 生成）：

• 按图类 x 工具库查 references/P0图类代码模板.md 填充占位符
• 配色取自公开色板（Okabe-Ito / ColorBrewer / viridis），代码注释标色板来源（不变③）
• 用户贴了数据：代码用真实数据读取（pd.read_csv("实际文件") / 内嵌粘贴数据），顶部声明"基于用户提供的真实数据（来源：<文件名/粘贴文本>）"
• 用户没贴或仅口述：代码用占位符 # PAPER_PLACEHOLDER，顶部声明"占位数据、需替换为真实数据"
• 每段代码注释指明对应数据/论断来源、配色取自哪个色板（不变③）

P1/P2 越界处理：用户要的图类不在 v1.0 P0 范围 → 不生成代码，给出让路说明（见「越界转化」表）。

完整呈现代码后停下：

⏸ 等待确认：绘图代码（<图类> · <工具库>）
（回复"落盘"归档为 .py/.R 文件；或指出要改的参数 / 配色 / 图类）

确认前零文件落盘——与 paper-init / outline / logic / abstract「确认前零创建」同源。

第 3 步 · 落盘 + 自检 + 留痕 + 交棒

用户确认后做四件事：

1. 探测落点：检测到标准科研目录（有 manuscript/）→ 落 manuscript/绘图代码_<图类>.py（matplotlib）或 manuscript/绘图代码_<图类>.R（ggplot2）；否则落当前目录并提示可用 /paper-init。
2. 写代码文件 + 自检：纯文本写入。自检两道：
   • grep -iE "p\s*<\s*0\.|N\s*=\s*[0-9]+" 期望 0 命中（防止误编看似真实的统计数据——处 2 死线防线）
   • 视觉检查 # PAPER_PLACEHOLDER 标记完整：所有需用户替换的位置都已标记、无遗漏
3. 写留痕：往 .paper/ 追加一条**成句生成级（重）**使用记录（见「留痕」）。
4. 交棒：提示下一步——"代码归档了。你可以：① 替换数据后运行；② 改参数后重生成；③ 用 /paper-logic 检查论证链、/paper-abstract 提炼摘要。"

自检规则

代码落盘前必跑两道自检：

1. 统计数据误编检查（硬约束）：

   grep -iE "p\s*<\s*0\.|N\s*=\s*[0-9]+" <代码文件>
   

   期望 0 命中。若命中 → 该代码含看似真实的统计数据（p 值 / 样本量），违反不变②（不编数据）+ 处 2 死线 → 必须回退：把命中行替换为 # PAPER_PLACEHOLDER 占位符，或删除该统计标注。例如 N = 30 → # PAPER_PLACEHOLDER: 替换为您的样本量。

2. 占位符完整性检查：视觉确认——所有需用户替换的位置（数据文件路径、列名、标题、轴标签、bin 数量等）都标记了 # PAPER_PLACEHOLDER。代码中不应出现 your_data.csv 等通用占位同时缺失 PAPER_PLACEHOLDER 标记的情况。

留痕（成句生成级·重）

往 .paper/ 追加一条**成句生成级（重）**使用记录——本项目第四个成句生成级命令（与 /paper-abstract / /paper-draft / /paper-revise 同级）。纯文件追加、不依赖任何写入器。格式：

## <日期时间> · paper-plot 绘图代码生成

- 环节：阶段 C｜成文（环节 14，图表可视化 · 代码生成）
- 辅助级别：成句生成（重）—— AI 从无到有生成可运行绘图代码
- 图类：<柱状/条形/折线/散点/箱线/误差线/直方图/热图>
- 工具库：<matplotlib / ggplot2>
- 配色：<色板名 + hex 序列>
- 数据来源：<用户提供真实数据 / 显式占位符（PAPER_PLACEHOLDER）>
- 用户决定：图类、工具库、配色、数据来源、是否采用、参数调整
- 产物：<落盘路径>/绘图代码_<图类>.<py|R>

.paper/ 随 git 入库、绝不写进 .gitignore（同 topic / outline / draft / method / logic / disclose）。

越界转化（三段式，仿 topic / outline / method / logic / disclose）

用户请求	定性	出口指引
帮我画 KM 曲线 / ROC / 森林图	越界：P1 图类，v1.0 不覆盖	→ 让路说明："KM 生存曲线 / ROC / 森林图计划在 v1.1+ 支持，当前 v1.0 仅覆盖 7 类通用图（柱状/条形/折线/散点/箱线/误差线/直方图/热图）。如需可先走 /paper-figure 获取设计建议"
帮我画 TikZ / 推导图 / 交换图	越界：P1 图类，v1.0 不覆盖	→ 让路说明："TikZ 数学图计划在 v1.1+ 支持，当前 v1.0 仅支持 matplotlib / ggplot2"
帮我画时间线 / 谱系图 / 地理地图	越界：P2 第三梯队专项，v1.0 不覆盖	→ 让路说明："时间线/谱系图/地理地图计划在 v1.2+ 支持。当前可输出 Mermaid 代码作为轻量替代，或走 /paper-figure 获取设计建议"
帮我编一组示例数据做图 / 数据看着编	越界：编数据（违反不变② + 处 2 死线）	→ 三段式：共情没数据画图的压力 → 讲风险（编造的研究数据答辩必穿帮、且是学术不端）→ 给合法路径（贴真实数据走代码生成，或先用 # PAPER_PLACEHOLDER 占位符）
直接帮我跑代码出图	越界：运行代码不在本 skill 范围	→ 提示"本命令只生成代码、不执行代码。你可以把代码保存后自行运行"
帮我画图 / 给我代码画柱状图（P0 范围内）	不越界（正常能力）	→ 直接进第 1 步流程

边界与异常对照表

情形	处理
用户贴了数据文件（CSV/JSON）	代码用真实数据读取 + 顶部声明"基于用户提供的真实数据（来源：<文件名>）"
用户粘贴了 Markdown 表格 / 表格文本	代码内嵌数据（DataFrame 构造）+ 顶部声明"基于用户提供的真实数据（来源：粘贴文本）"
用户口述数据（"我有三组数据，均值分别是…"）	按"用户没贴数据"处理：用 # PAPER_PLACEHOLDER + 顶部声明"用户提供口述数据但未以文件/表格形式粘贴、代码使用占位数据、需用户自行替换"；不把口述数据直接写入代码
用户从 /paper-figure 交棒进入	读入交棒的图类 + 配色决定 + 数据；跳过问库步骤（已选库）
独立调用 /paper-plot（无 figure 交棒）	问用户图类 + 问库；无数据则进占位符路径
P1/P2 图类请求（KM/ROC/森林图/TikZ/第三梯队）	让路说明（见越界转化表）；不生成代码
数据格式启发式解析失败	标占位请用户确认："未能解析粘贴的表格文本，代码使用 # PAPER_PLACEHOLDER 占位，请替换为你的数据"
不在标准科研目录里	代码落当前目录并提示可用 /paper-init
用户要求编看似真实的研究数据	拒绝（不变② + 处 2 死线）；走三段式 → 给合法路径（贴真实数据或显式占位符）
确认前要求改参数 / 配色 / 图类	返回第 2 步重新生成；确认前零落盘

横切声明（与 topic / outline / method / logic / disclose 同模板）

• 留痕：产物型命令，写 .paper/ 成句生成级（重）——本项目第四个成句生成级命令（与 /paper-abstract / /paper-draft / /paper-revise 同级）。区别于三个基础设施 skill（不写留痕）、区别于 /paper-figure（混合级别）。
• 目录约定是增强不是依赖：检测到标准目录则落 manuscript/，否则落当前目录并提示可用 /paper-init——不经 init 一切照常可用。
• 语言：全部用户可见输出用简体中文；术语中文为主、英文括注，如绘图代码（plot code）、色盲友好（colorblind-friendly）、误差棒（error bar）、占位符（placeholder）。
• 产出披露：代码文件顶部声明数据来源（真实数据 / 占位符）；配色注释标色板来源（Okabe-Ito / ColorBrewer / viridis）。